自治區(qū)兒科研究所成立于1986年，是新疆唯一一家集醫(yī)療、科研和教學(xué)為一體的綜合性兒科醫(yī)學(xué)研究所。兒科研究所建有生物樣本庫、分子生物學(xué)實驗室、細胞室、精密儀器室等，配備PCR儀、凝膠成像儀、電泳儀、酶聯(lián)免疫檢測儀、熒光倒置顯微鏡、低溫離心機等儀器設(shè)備，可以滿足臨床科室的實驗所需。

目前兒科研究所開展的工作包括負責自治區(qū)重點研發(fā)項目“新疆地區(qū)先天性結(jié)構(gòu)異常三級防控體系構(gòu)建”研究工作正常開展。依托本項目實施、團隊合作，構(gòu)建先天性結(jié)構(gòu)異常產(chǎn)前、產(chǎn)后防篩診治病例庫、樣本庫和基因庫；探索適合新疆地區(qū)經(jīng)濟有效全鏈條貫通的三級防控體系，為降低新疆地區(qū)先天性結(jié)構(gòu)異常的發(fā)生率和致殘率，提升兒童健康水平做出貢獻。同時，開展國家及自治區(qū)級項目的申報與研究，協(xié)助臨床科室完成項目、文章、專利的設(shè)計和撰寫，提升科研能力，助力我院國家區(qū)域醫(yī)療中心建設(shè)。